不同选择有不同的大结局，在孤岛惊魂3游戏大结局中就有两个选择，选择旧爱女朋友丽莎离开岛屿和选择女王之后留下来，如果玩家选择了玩家会亲手杀掉前女朋友和其他伙伴留在孤岛，接着跟女王不可描述完之后被女王亲手杀死，然而如果玩家选择了前女朋友丽莎，女王会跟你倾诉哭泣，会问你何故，之后有人因你的背叛杀掉你，女王会帮你挡剑接着死掉了，主角离开孤岛故事结束，因此还是选择前女朋友的大结局会相对好一点。

第一种大结局

选择救下兄弟，主角打破了幻觉，恢复了一些理智，并没杀死莉莎，而是把绑莉莎的绳索割开，并说道：这些罪行结束了，我不干了，不能再让人流血了，斯特拉看到主角这样做，再一次表白说自己爱主角，结局丹尼斯大叔出现，羡慕嫉妒恨，就用刀捅给主角，接着斯特拉冲过来挡了这要命的一刀，斯特拉又一次深情地表白之后就死了，过了一段动画后，主角很有哲理的说到：我杀了不计其数的人，我不能就这样的回去，我是个怪物，我依然能感觉到身体中的愤怒，然而，我还是，在心中的某些物品，比愤怒更好，还更多，接着主角的兄弟们都开船走了，主角则留在岛上继续冒险，斯特拉、丹尼斯、主角兄弟以后不会出现，神庙也不会再打开，而主线任务也不会再有了。

第二种大结局

选择 加入斯特拉，主角受幻觉蛊惑，认定女朋友莉莎是巨人，并割了女朋友的喉，女朋友跟其他兄弟，包括自己的弟弟莱利都死亡了，接着出现主角跟斯特拉交配的画面，斯特拉告知主角：主角会成为罗克亚特的王，全部的人都会效忠于他，主角已经没有余力了，被斯特拉用明朝古刀砍中腹部，濒临死亡，斯特拉说：主角和她的孩子将来会成为罗克亚特的王，主角是一名战士，死也要像个战士，你赢了，说完主角倒下，后来按enter，主角没死只是晕了，斯特拉不拜拜主角，神庙大门永远关闭，丹尼斯不知所给，主线任务消失。